神经系统的可塑性，也是经颅磁实现调控作用的一个基础。神经可塑性，是指为主动适应和反映内外环境的各种变化，神经系统在活动中能发生结构和功能的改变，并维持一段时间的特点。由于神经元之间信息传递，处理，存储，提取都需要突触，神经可塑性中基本，重要的就是突触的可塑性。在突触的可塑性中，有两个重要的类型：长时程增强（LTP：由于突触连续高频活动而产生的可以延续数小时，甚至数日以上的突触强度的增强）和长时程抑制（LTD：由于突触低频连续活动而产生的持续的该突出强度的抑制）。研究发现，磁刺激的刺激强度，刺激频率和刺激模式都可以影响突触的LTP和LTD。