重复性rTMS不同频率的刺激，对大脑神经元和相关功能进 行改善。这种通过改善细胞膜电位对神经元进行调整的效果，是传统的电刺 激和其它物理方法无法实现的。
TMS引起皮质较广泛的c-fos基因表达増加，近中线结构(纹状体、丘脑、扣带回、 室旁核等)尤为显著，在果松体、视网膜及调节生物节律区，有更敏感的转录因 子CREB磷酸化形式表达增加。
rTMS引起的这种效应更明显。 TMS可以通过不同的参数刺激，改变不同脑区的血流、代谢、兴奋性及内分泌 功能发挥治疗作用。 高频、低频双向调节大脑兴奋和抑制功能之间的平衡。高频 率、高强度rTMS可使刺激区神经异常兴奋。相反，低频刺激则抑制 神经兴奋，从而达到治疗疾病的目的。
